Rafael Lewandowski urodził się 22 października 1969 roku w Reims. Jego rodzice poznali się, gdy jego mama, Francuzka, przyjechała do Karpacza na narty. Rafael Lewandowski wychowywał się we Francji.
Ukończył kinematografię na Sorbonie i reżyserię na uczelni La Fémis (Fondation européenne des métiers de l’image et du son). We Francji sfilmował ponad 80 relacji osób, które przeżyły Holocaust dla fundacji Stevena Spielberga „Survivors of the Shoah”.
W swojej pracy realizuje filmy dokumentalne i fabularne pokazujące współczesną i dawną historię Polski i Polaków. Jego pasją jest kino, ale – jak twierdzi – warunkiem robienia dobrych filmów fabularnych jest umiejętność obserwowania i reżyserowania rzeczywistości, a tego najlepiej można nauczyć się realizując dokumenty.
W 2003 roku powrócił do Polski. Jest laureatem paszportu Polityki za film „Kret”. W 2015 roku został mianowany Kawalerem Orderu Sztuki i Literatury przez władze Francji.